Chùa Hổ Sơn nằm trên địa bàn xã Liên Minh thuộc vùng chiêm trũng châu thổ sông Hồng, tuy vậy chùa lại nằm ở vị thế có một núi đá sừng sững giữa làng Hổ Sơn. Gọi là Hổ Sơn vì quả núi trông giống hình con hổ. Dưới sườn Nam chân núi là ngôi chùa cổ mang tên Hổ Sơn (còn gọi Nộn Sơn hay Hổ Linh Tự).

Theo sử sách, câu chuyện về Công chúa Huyền Trân gắn liền với một cuộc hôn nhân mang ý nghĩa ngoại giao giữa Đại Việt và Chiêm Thành vào đầu thế kỷ XIV.

Năm 1301, trong chuyến đi sang Chiêm Thành của Thượng hoàng Trần Nhân Tông, ông đã có lời hứa gả con gái là Huyền Trân cho vua Chiêm là Chế Mân. Lời hứa này về sau trở thành nền tảng cho một cuộc hôn nhân chính trị nhằm củng cố quan hệ hòa hiếu giữa hai quốc gia. Đến năm 1306, công chúa Huyền Trân chính thức lên kiệu hoa sang Chiêm Thành làm hoàng hậu của vua Chế Mân. Cuộc hôn nhân này không chỉ mang ý nghĩa cá nhân mà còn là một sự kiện ngoại giao quan trọng, góp phần duy trì hòa bình giữa Đại Việt và Chiêm Thành trong giai đoạn đó.

Tuy nhiên, cuộc hôn nhân của công chúa Huyền Trân và vua Chế Mân chỉ kéo dài hơn một năm. Vua Chế Mân đột ngột qua đời vì bạo bệnh. Theo phong tục của Chiêm Thành lúc bấy giờ, khi nhà vua mất, những người vợ được sủng ái nhất phải lên giàn hỏa thiêu để tuẫn táng cùng vua. Do Huyền Trân là người được Chế Mân rất yêu quý nên bà cũng bị đưa vào danh sách phải thực hiện tục lệ này. Lúc đó, Huyền Trân vừa sinh một người con trai là thế tử Chế Đa Đa. Trước tình thế nguy cấp, vua Đại Việt lúc bấy giờ là Trần Anh Tông (anh trai của công chúa) đã sai sứ sang Chiêm Thành tìm cách đưa công chúa về nước, qua đó cứu bà khỏi tục tuẫn táng.

Sau khi trở về Đại Việt, vào đầu năm 1309, công chúa Huyền Trân đã xin phép Thượng hoàng Trần Nhân Tông – khi đó đang tu hành tại Yên tử cho mình được xuống tóc xuất gia. Nguyện vọng của bà được chấp thuận. Ban đầu, bà tu hành tại núi Trâu Sơn thuộc vùng Bắc Ninh ngày nay. Đến năm 1311, bà chuyển đến sinh sống và lập am tu tại làng Hổ Sơn, dựng nên chùa Nộn Sơn, tên chữ là Quảng Nghiêm Tự, để chuyên tâm tu thiền và hành đạo.

Cùng thời gian này, tại khu vực phía tây núi Hổ, thuộc làng Tiền (xã Tam Thanh), còn có Công chúa Thụy Bảo là cô ruột của công chúa Huyền Trân – cũng lui về tu hành. Bà lập vườn hoa An Lạc và xây dựng chùa tại đây. Hai vị công chúa sau đó cùng sống đời tu hành thanh tịnh, vừa phụng sự Phật pháp vừa chăm lo đời sống tinh thần cho người dân trong vùng, góp phần làm cho khu vực này ngày càng yên ổn và thịnh đạt.

Sau khi công chúa Huyền Trân qua đời (tương truyền vào ngày 9 tháng 4 năm Canh Thìn), nhân dân địa phương ghi nhớ công đức của bà trong việc tu hành và giúp đỡ dân chúng. Vì vậy, họ đã tôn bà làm Thánh Mẫu và lập đền thờ tại nơi bà từng tu hành ở Hổ Sơn, thờ chung với Công chúa Thụy Bảo để tưởng niệm công lao của hai vị đối với vùng đất này.

Nhiều năm qua, Chùa Hổ Sơn đã xuống cấp nghiêm trọng. Theo nguyện vọng được trùng tu và tôn tạo để lưu giữ di tích lịch sử của Nhân dân, các tín đồ phật tử và nhà chùa đang trông coi tại chùa, đến ngày 22/1/2020, Chủ tịch UBND tỉnh đã phê duyệt Quyết định cho phép chùa Hổ Sơn được trùng tu và tôn tạo. Năm 2021, chùa Hổ Sơn chính thức được khởi công xây dựng với mong muốn được góp sức bảo tồn và phát huy các giá văn hóa đời nhà Trần.