Chùa Bảo Lâm được xây dựng ở vị trí trung tâm của làng Tràng Thành, huyện Đông Thành, phủ Diễn Châu. Nay là xã Yên Thành, tỉnh Nghệ An.

Từ thời Tiền Lê cho đến các triều đại Lý Thái Tổ, Lý Thánh Tông rồi nhà Trần, vùng phủ Diễn Châu luôn giữ vị trí đặc biệt quan trọng nơi phên dậu phía Nam của quốc gia Đại Việt. Đây là vùng đất vừa mang ý nghĩa quân sự, vừa là địa bàn chiến lược trong quá trình khai hoang mở cõi, ổn định dân cư và phát triển kinh tế. Bởi vậy, qua nhiều thời kỳ lịch sử, triều đình thường cử các hoàng thân quốc thích và đại thần có tài năng vào trấn nhậm, tổ chức chiêu dân lập ấp, củng cố vùng biên viễn. Trong đó, Uy Minh vương Lý Nhật Quang, người con trai thứ tám của vua Lý Thái Tổ đã được giao giữ chức Tri châu Nghệ An trong nhiều năm và có công lao to lớn đối với vùng đất xứ Nghệ.

Không chỉ chăm lo việc chính trị, quân sự, Lý Nhật Quang còn tổ chức chiêu tập dân nghèo, binh lính và lưu dân từ nhiều nơi về khai hoang mở đất, lập nên nhiều làng xã trù phú. Trong tâm thức dân gian Nghệ An, ông được xem như vị khai quốc công thần của vùng đất, một vị quan thanh liêm, thương dân và có nhiều đóng góp cho sự phát triển của phủ Diễn Châu.

Tương truyền rằng, trong một lần theo đường thủy tuần thú vùng thượng lưu sông Lam, đoàn thuyền của Uy Minh vương cập bến gần rú Bìm thuộc vùng Hợp Thành rồi tiến lên khu vực Hạ Thành ngày nay. Khi đoàn quân đi tới khu rừng Bảo Lâm, con chiến mã quý mà Vương đang cưỡi bỗng dừng lại trên một gò đất cao, liên tục gõ vó xuống nền đất phát ra những tiếng lộp bộp như báo hiệu nơi địa linh. Nhận thấy thế đất cao ráo, phía trước thoáng rộng, xung quanh có sông núi bao bọc, Uy Minh vương đã cho quân lính hạ trại tại đây và có ý định chọn vùng đất này làm lỵ sở Nghệ An, tương tự như cách các thân vương thời trước từng lựa chọn những vùng đất linh thiêng để đặt trị sở cai quản.

Tuy nhiên, chỉ sau vài tháng, khu vực xảy ra lụt lội lớn kéo dài, khiến việc định cư lâu dài gặp nhiều khó khăn. Vì vậy, Uy Minh vương quyết định dời dinh lên vùng Bạch Ngọc thuộc Đô Lương ngày nay hiện còn đền Quả Sơn nổi tiếng. Dẫu không trở thành lỵ sở chính thức, vùng Bảo Lâm vẫn được nhân dân xem là nơi in dấu bước chân và công lao của Uy Minh vương. Để tưởng nhớ vị danh thần có công khai mở đất đai, nhân dân Hạ Thành đã lập đền thờ ông nằm giữa đình Bảo Lâm và chùa Bảo Lâm, tạo thành một quần thể văn hóa tín ngưỡng linh thiêng tồn tại suốt nhiều thế kỷ.

“Thôn Đông xã Hạ Thành tổng Quan Triều huyện Yên Thảnh phủ Diễn Châu. Họ Phan ở thôn Nam. Sắp đặt việc thở cúng và trùng tu đình Bảo Lâm ở bản xã. Tu tạo đèn hương các thứ bằng đá hoàn thành. Số tiền hơn 1000 quan dành cho chùa Bảo Lâm. Móng nền cũ trước đây do Phan công trùng tu hiện đang còn bia ký ghi lại rằng ở thôn Bắc có họ Thái phát tử tâm trùng tu liền 2 thôn nam bắc, sau lại tu sửa để củng thờ cúng. Trải đến nay bảy trăm tám mươi năm bia đã rêu, chùa đã lặng, ai là người cầu duyên để 2 thôn cùng tu sửa nhà mới để hương lửa ngàn năm không dứt. Bèn khắc vào đá. Ngày tốt tháng chạp năm Thiệu Trị thứ nhất. Phan Bá Khuê khắc vào đá.”

Theo nội dung văn bia thì chùa Bảo Lâm được xây dựng trước năm lập bia Thiệu Trị nguyên niên 1841 là hơn 780 năm. Như vậy rõ ràng chùa Bảo Lâm được xây dựng vào khoảng 1061 thời nhà Lý, đời vua Lý Thánh Tông (1054 – 1072).

Theo cuốn Địa chí – Văn hóa – Lịch sử xã Hoa Thành, chùa Bảo Lâm đã trải qua ít nhất hai lần đại trùng tu quan trọng. Lần thứ nhất vào năm Thiệu Trị thứ nhất (1841), khi nhân dân địa phương cùng các dòng họ đóng góp công của để sửa sang đình chùa, san nền, dựng trụ đèn đá, bổ sung đồ tế khí và chỉnh trang cảnh quan. Lần đại tu thứ hai diễn ra vào năm 1933 dưới triều Bảo Đại. Ngoài ra, trong suốt thế kỷ XX và đầu thế kỷ XXI, nhân dân và Phật tử địa phương vẫn thường xuyên đóng góp công sức để sửa chữa nhỏ. Tiêu biểu như năm 2001, ông Phan Tất Trung đã phát tâm cung tiến xây dựng cổng chùa, bổ sung đồ thờ tự và lát thêm nền sân gạch cho khuôn viên chùa.