Chùa Phương Mỹ có tên chữ là Ngọc Hoa tự, thuộc làng Phương Mỹ, xã Mỹ Đồng, huyện Thủy Nguyên, thành phố Hải Phòng. Phương Mỹ là mảnh đất được hình thành từ lâu đời, quê hương của Phạm Quảng – một thân tướng của Lê Hoàn, ông đã có công trong chiến thắng chống quân Tống (thế kỷ thứ X). Dưới thời Hùng Vương, mảnh đất Phương Mỹ có tên là trang Hoa Kiều; thời nhà Lý (1010-1225) Hoa Kiều được đổi thành Hoa Chương; đến đời vua Đồng Khánh nhà Nguyễn (1885-1888) được đổi thành xã Phương Mỹ, tổng Thái Lai, huyện Thủy Đường, phủ Kinh Môn, trấn Hải Dương.

Theo truyền thuyết, thuở ban đầu việc khởi dựng chùa Phương Mỹ chỉ là một thảo am nhỏ do Phạm Quảng bỏ tiền hưng công xây dựng. Trải qua thời gian, cùng với sự phát triển của làng xã và nhu cầu tín ngưỡng của nhân dân, ngôi chùa dần được mở mang, trùng tu trở nên khang trang, bề thế hơn. Đặc biệt, vào thời Trần, khi dòng thiền Trúc Lâm phát triển mạnh mẽ và có ảnh hưởng sâu rộng, chùa Phương Mỹ đã trở thành một trong những “sơn môn cổ tự” tiêu biểu của dòng thiền này trên vùng đất Thủy Đường xưa. Tuy nhiên, trong những năm kháng chiến chống thực dân Pháp, ngôi chùa cổ đã bị địch thiêu hủy hoàn toàn, để lại nhiều tiếc nuối cho nhân dân địa phương.

Từ đầu năm 1945, chùa Phương Mỹ đã trở thành địa điểm liên lạc, hội họp thường xuyên, đồng thời là nơi cất giữ nhiều tài liệu quan trọng của lực lượng Việt Minh. Sau sự kiện ngày 9/3/1945, khi Nhật đảo chính Pháp, hưởng ứng lời kêu gọi của Ban Thường vụ Trung ương Đảng với khẩu hiệu “Nhật – Pháp bắn nhau và hành động của chúng ta”, phong trào cách mạng trên địa bàn huyện Thủy Nguyên phát triển mạnh mẽ, thu hút đông đảo các tầng lớp nhân dân tham gia. Trong bối cảnh đó, chùa Phương Mỹ tiếp tục giữ vai trò là một trong những đầu não lãnh đạo phong trào cách mạng của huyện, đồng thời tích cực tham gia các hoạt động quyên góp thóc gạo, cứu trợ đồng bào trong nạn đói đầu năm 1945.

Trên cơ sở phong trào cách mạng lan rộng, nhiều làng xã ở Thủy Nguyên đã thành lập các lực lượng tự vệ cứu quốc. Đặc biệt, tại chùa Phương Mỹ đã hình thành Trung đội “Tăng già cứu quốc”, một lực lượng vũ trang đặc biệt, thể hiện rõ tinh thần nhập thế của Phật giáo trong sự nghiệp cứu nước. Trung đội có trụ sở chính tại chùa Hoàng Pha (xã Hoàng Động), do đồng chí Lương Ngọc Trụ làm Trung đội trưởng. Đồng chí là một nhà sư yêu nước, được đồng chí Hoàng Ngọc Lương giác ngộ, trở thành chiến sĩ cách mạng. Dưới sự chỉ huy của đồng chí Lương Ngọc Trụ, Trung đội đã phối hợp chặt chẽ với các lực lượng tự vệ trong toàn huyện, tích cực tham gia diệt trừ ác ôn, phản động, bảo vệ cán bộ cách mạng và vận động nhân dân chống lại việc thu mua thóc gạo của phát xít Nhật. Sau này, đồng chí Lương Ngọc Trụ tham gia chiến đấu và anh dũng hy sinh tại chiến trường Tiên Lãng năm 1953, được Nhà nước truy tặng Huân chương Kháng chiến hạng Nhất.

Sau khi Nhật đảo chính Pháp, phong trào cách mạng trong cả nước phát triển mạnh mẽ, dẫn đến sự hình thành bảy chiến khu lớn, trong đó có Đệ tứ Chiến khu Đông Triều (Chiến khu Trần Hưng Đạo). Trong quá trình hình thành chiến khu này, chùa Phương Mỹ đã có những đóng góp quan trọng. Tháng 4 năm 1945, tại chùa đã diễn ra cuộc gặp gỡ giữa đồng chí Nguyễn Phương Thảo (tức Trung tướng Nguyễn Bình) và đồng chí Nguyễn Kiên Tranh (tức sư Tuệ) nhằm bàn bạc việc thống nhất lực lượng và xây dựng kế hoạch thành lập Chiến khu Trần Hưng Đạo. Đến tháng 6 năm 1945, chiến khu chính thức được thành lập tại Đông Triều, trở thành căn cứ cách mạng quan trọng ở vùng Đông Bắc Bắc Bộ, sau đó mở rộng hoạt động ra các khu vực Kiến An, Hải Phòng, Quảng Yên, Hòn Gai…, nối liền với Khu giải phóng Việt Bắc. Từ đây, chùa Phương Mỹ trở thành địa điểm lưu giữ tài liệu, tập kết vũ khí và lực lượng vũ trang của Chiến khu Đông Triều cũng như lực lượng tự vệ vùng Thượng của huyện Thủy Nguyên.

Trước sự phát triển mạnh mẽ của phong trào cách mạng trên địa bàn, Tri phủ Nguyễn Quang Tạo dần giác ngộ và có xu hướng ngả theo cách mạng. Ông đã trực tiếp đến chùa Phương Mỹ, đề nghị nhà sư Lương Ngọc Trụ giúp liên hệ, bố trí để ông được gặp cán bộ Việt Minh, qua đó bày tỏ thái độ quy thuận và ủng hộ cách mạng.

Ngày 10/8/1945, tại chùa Ngọc Hoa, đặc phái viên của Thị trưởng Hải Phòng đã đến liên hệ, xin gặp Tư lệnh Chiến khu Đông Triều Nguyễn Bình để bàn việc phối hợp đưa lực lượng vũ trang cách mạng vào Hải Phòng tham gia khởi nghĩa giành chính quyền. Trên cơ sở đó, ngày 15/8/1945, với sự sắp xếp của Việt Minh huyện Thủy Nguyên, đồng chí Nguyễn Bình đã đi ca nô từ Quảng Yên đến bến Kiền (xã Kiền Bái) gặp Thị trưởng Hải Phòng Vũ Trọng Khánh, thống nhất chủ trương khi thời cơ chín muồi, lực lượng vũ trang chiến khu sẽ tiến vào Hải Phòng giành chính quyền.

Sau thắng lợi của cuộc Tổng khởi nghĩa tháng Tám năm 1945, lợi dụng danh nghĩa quân Đồng minh vào giải giáp quân đội Nhật, hơn 20 vạn quân Tưởng kéo vào miền Bắc nước ta; trong đó một bộ phận lớn đóng tại trụ sở Ủy ban cách mạng lâm thời ở Phủ đường Trịnh Xá (xã Thiên Hương). Thực hiện chủ trương của Chính phủ tháng 10 năm 1945, Ủy ban cách mạng lâm thời huyện Thủy Nguyên đã chuyển địa điểm về chùa Phương Mỹ để tiếp tục lãnh đạo, chỉ đạo phong trào cách mạng trong toàn huyện.